Pada tahun 1989, dunia mengalami perubahan besar setelah berakhirnya Perang Dingin antara AS dan Uni Soviet. Di Iran, peristiwa penting terjadi dengan wafatnya Khomeini pada tanggal 3 Juni 1989. Ayatollah Hossein Ali Montazeri, yang seharusnya menjadi pengganti Khomeini, dicopot dari jabatannya oleh Khomeini hanya beberapa bulan sebelumnya karena memperjuangkan pluralisme politik. Khamenei kemudian dipilih sebagai pemimpin baru Iran oleh Majelis Ahli, meskipun sebelumnya ia merasa bahwa dirinya tidak layak untuk posisi tersebut.
Teori pemerintahan Islam yang diperkenalkan oleh Khomeini, khususnya tentang velayat-e faqih, menjadi dasar sistem politik Republik Islam. Namun, posisi Khamenei saat itu hanya seorang hojatoleslam tingkat menengah, dan beberapa ulama meyakini bahwa ia tidak cukup kualifikasi agama untuk memimpin. Perubahan pada konstitusi kemudian menegaskan pentingnya memiliki wawasan politik selain kualifikasi agama.
Kepemimpinan di Iran kemudian berubah menjadi kepemimpinan ganda antara Khamenei dan Ali Akbar Hashemi-Rafsanjani. Meskipun keduanya awalnya bersinergi, perubahan terus terjadi selama awal pemerintahan mereka. Kekuasaan eksekutif presiden juga semakin diperkuat selama periode tersebut.
