Menurut Gregory Falco, seorang asisten profesor teknik di Universitas Cornell dan ahli keamanan siber, pesan-pesan di WhatsApp dilindungi oleh enkripsi ujung ke ujung yang membuat isi pesan hanya bisa dibaca oleh pengirim dan penerima. Namun, bagian metadata dari data pengguna tetap tidak terenkripsi, sehingga masih ada informasi tentang bagaimana penggunaan aplikasi tersebut yang dapat diakses oleh pihak lain. Hal ini membuat banyak orang merasa ragu untuk menggunakan WhatsApp. Masalah lain yang diungkapkan oleh Falco adalah tentang kedaulatan data, dimana data WhatsApp suatu negara mungkin disimpan di luar negeri, tidak sesuai dengan kebijakan kedaulatan data negara tersebut.
Falco menekankan bahwa penting bagi negara-negara untuk menyimpan data secara lokal dan memprosesnya dengan algoritma mereka sendiri, karena kekhawatiran akan infrastruktur data global yang sulit dipercayai. WhatsApp sendiri merupakan milik Meta Platforms, perusahaan Induk dari Facebook dan Instagram. Di Iran, akses ke berbagai platform media sosial seringkali diblokir, namun banyak warga Iran menggunakan proxy dan VPN untuk tetap mengaksesnya. Pada tahun 2022, Iran melarang WhatsApp dan Google Play setelah protes massal terhadap pemerintah menyusul kematian Mahsa Amini. Larangan tersebut baru dicabut pada akhir tahun tersebut. Sebelumnya, WhatsApp menjadi salah satu aplikasi pesan populer di Iran bersama dengan Instagram dan Telegram.
